Em 1999 o Conselho de Desenvolvimento de São João da Boa Vista reuniu representantes de todos os segmentos da sociedade e criou a Agência de Desenvolvimento Econômico.

A Agência teve uma atuação ativa até o ano de 2000. Sua principal missão foi a de atrair novos investidores para o Município através de suas empresas, gerando desenvolvimento social e econômico da cidade.

Em 2001 ela foi desativada considerando ter cumprido o seu papel principal e também porque o Distrito Industrial local já não comportava novas empresas.

Em Junho de 2002 a Agência de Desenvolvimento de São João foi reativada através do mesmo Conselho de Desenvolvimento e mesmos mantenedores, mas com uma proposta ampla e amadurecida quanto ao formato, objetivos, valores e missão.